“Omiques” comparatives de plantes tropicales

Les technologies NGS ont conduit à une impressionnante production de données « Omiques » pour les plantes cultivées tropicales telles que le riz, le sorgho, la canne à sucre, le bananier, les palmiers, les agrumes, le cacaoyer, le caféier, le cotonnier. Ceci permet de réaliser des études d’«Omiques» comparatives à une échelle sans précédent, et permet également de s'attaquer aux problèmes difficiles tels que le séquençage et l'analyse de génomes complexes.

Des outils et approches sont mis en place pour comprendre comment les génomes de plantes ont évolué dans des temps anciens et plus récents. Cela permet d'évaluer l'impact de la structure des génomes sur l'évolution des familles de gènes et de la fonction des gènes, de caractériser la diversité des espèces, la diversité des modes d'expression des gènes. L’ensemble de ces connaissances peut soutenir l'identification de gènes responsables de caractères d’intérêt. Avoir des lignes directrices pour la production, l'utilisation et l'analyse de ces différentes données est stratégique pour les scientifiques et les groupes de recherche qui réfléchissent aux cultivars de demain.

 A la fin du module, les étudiants :

  • Seront familiarisés avec les technologies de séquençage de nouvelle génération qui sont disponibles et leur application à différentes études de cas.
  • Auront été exposés à une gamme d’études “Omiques” y compris: la transcriptomique comparative, le séquençage des génomes, les analyses de duplications de génomes entiers, l’évolution de familles de gènes avec angle spécifique sur des plantes cultivées tropicale.
  • Auront une première expérience sur des plates-formes web de « Omiques » comparative.
  • Auront conduit des analyses de données issues de projets de recherches récents et actuels

Les cours (12.5 h) sont dédiés à des étudiants en Master (M2). Ils incluent des présentations basées sur des projets de recherche actuels et également des séances pratiques d’analyse de données expérimentales.

Prochaine session : septembre 2019, à l'Université de Montpellier.

Ce module est organisé par les Unités AGAP (Equipes SEG et ID) et DIADE (Equipe RICE). François Sabot, Olivier Garsmeur, Stéphanie Bocs, Nabila Yahiaoui contribuent à ce module.