Les 3000 génomes du riz, une introduction à la diversité génétique

La diversité génétique est la base de l'amélioration des plantes. Cette diversité au niveau de la séquence du génome lui même devient de plus en plus accessible et cela va révolutionner la recherche en bilogie. Parmi les grandes cultures, le riz est un bon choix pour relever les défis qui en découlent et de nouvelles opportunités s'ouvrent.

Au cours de cet enseignement de niveau M1, d'une durée de 4,5 heures, les étudiants plongent au cœur de la recherche de pointe sur la diversité génétique du riz asiatique (Oryza sativa), exploitant un extrait des données génétiques acquises récemment par un consortium international et en cours d'exploitation dans différents projets.

Les étudiants appréhendent l'utilisation d'un logiciel libre, DARwin, conçu comme un outil de recherche et d'exploration facile de données de diversité génétique. Ils découvrent par eux-mêmes la diversité actuelle, fruits d'interactions nombreuses et variées entre des environnements et des agriculteurs, et abordent la compréhension des traces que l'histoire évolutive laisse au cœur des génomes.Au cours d'exercices en binômes, ils explorent les données à l'aide d'analyses et de représentations graphiques de type Analyses factorielles ou dendrogrammes.

Prochaine session en novembre 2019 à l'Université de Montpellier.

Ce module est organisé par l'unité AGAP (équipe DDSE). Claire Billot, Jean-Pierre Jacquemoud-Collet et Jean Christophe Glaszmann en sont les contributeurs.